其中，“分区管控”是指将海关监管区分为五大区域，以航站楼医学排查室等“高风险区”为中心向外辐射，“中高风险区”主要包括初步排查区，“中低风险区”主要包括健康申报区域和测温通道，“低风险区”主要包括其他海关监管区，“极低风险区”则主要包括行政办公区。五大区域之间严格实行正向流动、反向消毒，避免传染源从高风险区向低风险区扩散。
登临检疫是海关严防疫情跨境传播的重要手段。目前，广东省内海关一线关员现场登机、登船，加强对进境人员的登临检疫。以黄埔海关所属老港海关为例，该关关区年均入出境船舶约1.1万艘次，入出境人员约13万人次。
